Nå går Start Menu Cleaner gjennom alle ikonene dine og kontrollerer at filene de viser til, finnes på din datamaskin. Dette kan ta fra 5 til 60 sekunder avhengig av maskinen. 

Rammen nederst i vinduet viser hvor mange ikoner som er undersøkt. 
Statuslinjen nederst viser hvilken gruppe som blir undersøkt akkurat nå.